El principal objetivo del Museo es preservar y difundir la historia de las comunidades judías de Catalunya, que a lo largo de toda la edad media formaron parte y contribuyeron decisivamente en la trayectoria histórica y al desarrollo cultural y científico del país.
El Museo cuenta con once salas que conforman un recorrido, con ejemplos tanto documentales como arqueológicos o iconográficos, que relata aspectos de la vida cuotidiana, la cultura y la historia de las comunidades judías en Catalunya y en Girona en época medieval.