El principal objectiu del Museu és preservar i difondre la història de les comunitats jueves de Catalunya, que al llarg de tota l’edat mitjana varen formar part i varen contribuir decisivament a la trajectòria històrica i al desenvolupament cultural i científic del país.
El Museu compta amb onze sales que conformen un recorregut, amb exemples tant documentals com arqueològics o iconogràfics, que relata aspectes de la vida quotidiana, la cultura i la història de les comunitats jueves a Catalunya i a Girona en època medieval.